Árboles consenso en la clasificación de bancos de germoplasma vegetal.

Resumen

Partiendo de que no existe todavía un algoritmo de clasificación por excelencia que logre encontrar una mejor estructura para separar las accesiones y, que en la búsqueda de mejores algoritmos de clasificación aparece una tendencia a la combinación de algoritmos de agrupamiento en el mismo problema, el presente trabajo tiene como objetivo combinar varios algoritmos de agrupamiento en la conformación de conglomerados jerárquicos aglomerativos, en aras de lograr un mejor rendimiento y calidad de los resultados alcanzados por los algoritmos individuales y compensar posibles errores cometidos en el desempeño de cada uno sobre la clasificación del germoplasma en estudio. La investigación se realizó en la colección de malanga (Xanthosoma spp.) que se conserva en el germoplasma del INIVIT. Para combinar los resultados de los diferentes algoritmos de aglomeración se usó la función cl_ensemble y el árbol consenso se obtuvo con la función cl_consensus del paquete “clue”, utilizando los tres métodos disponibles en esta función para calcular los conglomerados consenso en los algoritmos jerárquicos (euclidean, manhattan y majority). El árbol consenso con el método manhattan es el que mejor representa la estructura de la base de datos de malanga en estudio, sin embargo, no muestra estabilidad en diferentes corridas. En los análisis se utilizaron funciones implementadas sobre la base del lenguaje de programación R. Se demostró que la combinación de agrupamientos para lograr un dendrograma consenso es una técnica efectiva en la conformación de estructuras consistentes.